Rを高速化するコーディング方法

title: Rを高速化するコーディング方法
url: http://www.anlyznews.com/2012/02/r_12.html
http://www.sciviews.org/benchmark/

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1. パッケージや内部関数を使う

2. 行列演算 < apply関数 < ループ演算

対数尤度関数の記述方法と処理時間
記述方法 経過時間 行列演算比
行列演算 0.03秒 1倍
apply関数 0.48秒 16倍
ループ演算 1.11秒 37倍

6. 高速な数値演算アルゴリズムを選択する

数値演算アルゴリズムと処理時間
アルゴリズム 関数名 経過時間
GLM glm() 0.02秒
Newton-Raphson nlm() 0.03秒
BFGS optim() 0.04秒
L-BFGS-B optim() 0.04秒
Nelder-Mead optim() 0.06秒
CG optim() 0.45秒
SANN optim() 4.70秒
MCMC(Metropolis-Hastings) MCMCmetrop1R 9.61秒

7. whileよりもfor

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